基于体诊断 (IVD) 的下一代测序 (NGS) 的设计,开发和分析验证的考虑,用于帮助诊断疑似菌根病：利益相关方与FDA工作人员指南
Considerations for Design, Development, and Analytical Validation of Next Generation Sequencing (NGS) - Based In Vitro Diagnostics (IVDs) Intended to Aid in the Diagnosis of Suspected Germline Diseases: Guidance for Stakeholders and Food and Drug Administration Staff
发布日期：2018-04-13
状态：Final（最终） 类型：Guidance Document 类别：体外诊断 / 伴随诊断 案卷号：FDA-2016-D-1270
官方来源
https://www.fda.gov/regulatory-information/search-fda-guidance-documents/considerations-design-development-and-analytical-validation-next-generation-sequencing-ngs-based PDF：https://www.fda.gov/media/99208/download
INFO
本内容由英文原文机器辅助翻译，并经结构校对。如有歧义，以英文官方文本为准。
官方文件全文
设计、发展、用于协助诊断可疑热线疾病(IVDs)
利益攸关方及美国食品药品监督管理局工作人员指南
本指南代表了FDA目前对这一专题的想法。它没有规定任何人的任何权利,对FDA或公众没有约束力。您可采取另一种方式,即满足适用的法规和条例的要求。为了讨论另一种办法,请与标题页所列FDA工作人员或负责本指南的办公室联系。
简介
基因组测试领域是动态的,依靠越来越多的数据和技术基础的迅速发展。虽然现行监管办法适用于常规诊断,以测量与疾病或状况有关的数量有限的分析结果,基因组测试中使用的新的测序技术 一次可以检查成百万个DNA变异因此,有必要采取灵活监督办法,以适应这些试验的新颖和不断变化的性质。FDA的意图是优化其对下一代体外诊断(IVD)测试的监管监督办法,以满足基因组医学方面迅速发展的新技术的需要,同时履行其关键任务,确保医疗器械有合理的安全和有效性保证。 FDA的愿景是,可以通过利用适当标准的程序,开发、验证和提供基于NGS的测试,供临床使用,质量管理体系控制和社区临床有效性评估,以简化上市前审查程序。这份指南文件介绍了FDA为建立灵活和适应性监管办法以监督下一代测序测试所作努力的一部分。
作为朝这一愿景迈出的一步,FDA正在概述设计、开发、确定用于整个外表人类DNA测序(WES)或有针对性的人类DNA测序的基于NGS的测试的分析有效性,目的是帮助诊断有怀疑的细菌线病或其他症状的症状人(以下称“旨在帮助诊断可疑的细菌线病的基于NGS的测试”或“基于NGS的测试”)。这些考虑是根据FDA迄今在以国家总公司为基础的测试方面的总体审查经验,该机构对适合此类测试的设计和分析验证考虑的理解,以及与社区的广泛互动。
在本文件中,“老年病或其他病症”一词包括遗传疾病或遗传或新发子体变异引起的其他病症。 怀疑有细菌病迹象和症状的例子可包括发育迟缓、先天性畸形或其他临床特征。本指南没有涉及用于健康个人排序的测试。
FDA打算在本指南中提出的建议中直接协助测试开发商,并为社区专家制定协商一致标准提供信息。FDA有一个成功和广泛使用的标准确认方案,促进使用协商一致标准,满足上市前对器械的提交要求。最终,社区制定、并经FDA确认的、旨在协助诊断可疑的细菌线性疾病的基于NGS的测试的协商一致标准,测试开发商可在上市前提交材料中证明符合这些标准,从而大大简化审查程序。FDA特别有兴趣制定标准,处理本指南所述以外的考虑,随着技术及其应用的推进,专家界可以定期更新标准。
此外,FDA认为,本指南和(或)标准中针对这些建议提出的建议可能构成特殊控制的基础,从而可以合理地确保安全和有效性(第3条、第3条对于IVDs而言,一般是指这些试验在分析和临床上的有效性的合理保证),允许旨在协助诊断可疑子宫病的基于NGS的测试通过De Novo程序被定为二级器械。如果被归类为第二类,则随后将采用510(k)方案,审查旨在协助诊断可疑的细菌线疾病的基于NGS的测试,可能由经认可的第三方组织1 提供。 FDA希望遵守FDA确认的有力标准,包括性能
FDA可考虑在今后完全免除这些试验对上市前审查的监管。
FDA的指南文件,包括本指南文件,没有规定法律上可执行的责任。指南文件描述了FDA目前对一个专题的想法,只应被看作是建议,除非提到具体的规章或法规要求。在FDA指南文件中使用这个词意味着建议或建议了一些东西,但并不需要。 背景
FDA承诺采取灵活和适应性监管监督办法,促进创新,同时确保患者测试结果准确和有意义。
虽然大多数抗逆转录病毒药物通常旨在检测数量有限的预设分析,以诊断预先确定的条件,基于NGS的测试可以测量与许多条件有关的数百万个解析器(即基础),并有可能探测到以前未查明的变异物。基于NGS的测试往往具有广泛的预期用途,具体变体和这些试验将返回的临床信息的性质往往直到试验进行后才知道。设计适当方法对基于NGS的测试进行监管监督,对FDA来说是一项挑战,在载有与可能采用的方法有关的问题和想法的若干讨论文件中已予以审议。 这些讨论的核心是,是否遵守适当制定的基于NGS的测试分析验证标准,有助于提供更有效的监管监督。
2015年2月20日,FDA举办了一个公共讲习班,题为:" 优化FDA对下一代诊断性测试的监管监督 " ,以讨论和接收社区利益有关者的反馈,说明利用NGS技术进行人类遗传学或基因组学测试的可能监管办法。FDA于2015年11月12日举办了第二次公共讲习班,题为:“基于标准的方法,对下一代在体外诊断试验中测分的下一代进行分析性性能评价。”
2 公共讲习班 -- -- 优化FDA对下一代诊断测试管理监督,2月。20,2015,0 + 7296.htm。 3 公共讲习班 -- -- 以基于标准的方法对下一代在体外诊断试验中测序进行分析性性能评价,11月。2015年12月12日,9449.htm。 还于2015年11月13日举办了关于使用遗传数据库的公共讲习班,题为“利用数据库建立人类遗传变异物临床相关性”4 和另一个讲习班,2016年3月2日,2016年3月2日,5 在讲习班上获得的许多公众反馈表明,符合基于NGS的测试的分析验证标准,将是一种合理的办法,可允许在开发和验证这些测试方面出现差异,并可适应NGS技术的预期迅速发展。2015年11月12日研讨会上,一些利益攸关方提出评论意见,认为需要制定标准,包括测试设计和基于NGS的测试的性能评估。FDA不知道有任何现有情况,适用于以NGS为基础的测试的全面分析验证标准,旨在帮助诊断怀疑的细菌线疾病,它认为这些测试可用来帮助为这些测试的安全和有效性提供合理的保证。FDA希望,这份指南文件将推动制定这些标准。 范围 范围
本指南文件为设计、制定、制定、并验证以NGS为基础的检测结果,旨在帮助临床医生诊断患有怀疑有子宫病的症状。
本文件不适用于旨在下列目的的基于NGS的检测:协助诊断微生物感染、无细胞DNA检测、直接对消费者使用、胎儿检测、无细胞DNA检测、直接对消费者使用、胎儿检测、无细胞DNA检测、直接对消费者使用、胎儿检测、无基因检测、无细胞检测、无细胞DNA检测、无细胞DNA检测、直接对消费者使用、胎儿检测、无子检测、无细胞检测、无细胞DNA检测• 微生物基因组的鉴定和检测抗微生物抗药性和毒药标志,植入前胚胎测试,风险评估,风险预测,• RNA测序、筛查、独立诊断目的、肿瘤基因组测序、作为伴体或辅助诊断。
4 公共讲习班——利用数据库确定人类遗传变异的临床相关性,11月。 13, 2015, 0 + 9450.htm. 5 公共讲习班 -- -- 关于遗传试验结果返回的病人和医疗专业人员观点,第三期,第2期,第3期,第3期,第5期,第3期,第5期,第5 2016年2月2日, 这些用途的测试可能具有其他性能特征和/或风险考虑,此处所列建议没有涉及这些用途,尽管本指南中所述的原则可能适用于其中一些用途的测试。欢迎申办者讨论将本指南准则的原则适用于其测试的机会。
这份指南文件还讨论了FDA关于今后对基于NGS的检测进行监管监督的设想,该检测旨在协助临床医生诊断有怀疑的子子线疾病的症状患者,该指南文件还讨论了FDA关于未来对基于NGS的检测进行监管监督的愿景,该检测旨在协助诊断可疑的热线疾病的诊断。
迄今为止,FDA已许可了少数单一基因、特定疾病、有针对性的、以国家GS为基础的测试(例如,MiSeqDx Cystistic Fisis 139 - Variant Assay(k124006)和Ilumina MiSeqDx Cystic Fisis临床测修(k132750),但:FDA没有将基于NGS的测试分类,而这种测试具有更普遍的目的,用于协助诊断可疑的子宫病,并且目前没有可用作在FD&C法第510(k)节规定的上市前通知中审查基于NGS的试验的参照器械的同类合法上市器械,《药品和化妆法》(FD&C法)(21 U.S.C.360(k))因此,根据法律,这种试验被自动分为第三类。这些测试目前须遵守预先批准申请的要求。
如果没有现有的参照器械,7 FDA认为,有合理的可能性,通过综合一般控制和特殊控制,可以充分减轻与旨在协助诊断怀疑的细菌病的NGS测试有关的风险。因此,这种测试可能是De Novo分类过程的适当候选人。提交De Novo分类申请的申请人应在上市前提交中提供信息,证明一般控制或一般控制和特殊控制足以为其测试提供安全和有效性的合理保证。如果FDA同意De Novo提出的进行基于NGS的测试的请求,目的是协助诊断可疑的子宫病,并将测试类别分类为第二类,测试将获准进行上市,并可作为今后提交510(k)项其他NGS测试的参照器械,这些测试旨在帮助诊断可疑的子细胞疾病。所有这类试验都将受到可能列入新的分类条例的一般控制和任何特殊控制,FDA鼓励申请人利用Pre-Sub预提交程序与FDA接触
提交:与美国食品药品监督管理局工作人员举行Pre-Sub预提交方案和会议”(-% ments/ucm311176.pdf)。
此外,根据《FD&C法》第510(m)条,FDA可以主动或经有关人士请求,免除《FD&C法》第510(k)节关于二级器械的上市前通知要求,如果FDA确定上市前通知对于对器械的安全和有效性提供合理保证没有必要。随着FDA在使用这些器械方面积累更多经验,FDA认为,今后有可能:制定特别控制措施,合理保证以NGS为基础的检测的安全性和有效性,以帮助诊断可疑的子宫病,可能根据某些豁免条件,不需要510(k)上市前审查。
FDA长期以来一直认为,必须提供其审查已许可和核准的产品的情况,以便所有有关人士(例如医疗服务提供者和病人),为此,自2003年11月以来从FDA获得许可或De Novo分类的所有IVD,FDA发表了决定摘要,其中载有对申请人提交的分析和临床有效性数据及其他资料的审查,以支持提交材料,以及FDA证明核证无病的理由;FDA还必须出版《安全和FDA安全摘要》。 根据《FD&C法》(21 U.S.C.)第520(h)节批准的PMAs的实效数据。 FDA认为,类似的公众可获取和获取关于以NGS为基础的测试的信息,不论是否经过FDA审查或免于510(k)上市前审查,重要的是,使病人和医疗服务提供者能够获得有关这些测试的能力和局限性的信息,以便作出完全知情的医疗决定。 用于协助诊断可疑热线病的基于NGS的试验要素
临床使用NGS测试通常包括试剂、消耗品、仪器和软件。和软件是否适合实现预期目的,具体指明取决于适当和一致运行所需的具体属性。因此,任何两次基于NGS的测试在设计和工作流程上可能有所不同。
基于NGS的测试可包括以下步骤:(a) 样本收集、处理和储存,(b) DNA提取,(c) DNA处理和文库制备,(d) 生成测序读段和碱基,(e) 序列比对/映射,(f) 变异检出,(g) 变异注释和过滤,(h) 变异评估和主张,(一) 产生试验报告:其中某些可能不一定被视为试验的一部分,取决于具体试验的设计。一般而言,对于每个测试元素,测试开发者应制定其特定测试所特有的度量和接受标准。
为本指南的目的,“变异评估”一词是指评估有关遗传变异物与疾病或状况之间联系的证据的过程,以及对这种联系(或缺乏这种联系)的断言。
对已查明的变异体临床重要性的解释,医疗服务提供者和实验室专业人员仅仅为了诊断或治疗某一具体病人而从事的手术,不被视为试验的一部分,但某些标准作业程序(SOPs)包括但不限于变异评估规程,以及一些软件产品可被视为测试要素。FDA建议申请人在制订考试时尽早通过上岗前程序讨论其具体考试。 关于设计、发展和鉴定用于协助诊断可疑热线疾病的国家基因GS基测试的建议
以下建议涉及试验的设计、开发和验证方式。作为一项一般原则,测试开发者应首先确定其测试说明的使用标志,因为这决定了测试应如何进行。在界定适当的测试性能时,开发者应预先确定应进行哪些类型的研究(例如:以及每种研究类型应达到的阈值,其形式是适当并符合使用试验指示的性能需要的最低值和目标值。在设计和开发测试之后,审定研究应表明是否符合预先规定的性能。如果试验不符合任何预定的性能阈值,则应修改和重新验证试验。设计、开发和审定周期应持续到测试达到预定性能规格为止。在整个过程中,测试开发者应记录所有活动、决定和结果,以及每项活动的理由。
FDA鼓励制定标准,包括本节概述的设计、发展和验证活动。FDA要确认一项标准,8 除其他外,应包括:说明应开展的设计活动和应审定的性能特点,以及具体的方法、材料、酌情包括性能阈值和性能阈值。FDA预计,基于NGS的测试的开发商可以证明符合这些标准,以协助在上市前提交中诊断可疑的细菌病;并且可能在今后取代上市前审查。
8 《工业和FDA工作人员准则》——《共识标准》的承认和使用》。 是否宣布符合FDA承认的分析有效性标准,可能取决于具体使用指标和上市前审查的类型,或有可能豁免。
A. 试验设计考虑
测试是否符合FDA承认的标准,可有助于证明以NGS为基础的测试开发商已经开展了必要的活动,以确定使用测试的标志,并设计使用测试。设计和开发标准或标准应述及测试设计者开展和记录下文讨论的活动的能力,以便产生一个始终符合适合测试使用指标的性能衡量标准的测试。每项性能计量应附有事先确定的接受间隔或阈值(视适用情况而定)。 在试验设计阶段,开发商应确定和说明每种性能衡量标准的最低可接受值和目标值,并满足使用测试指标的性能需求。标准可提供额外的解释、实例、格式和其他信息。
- 试验使用说明的说明
虽然本指南适用于所有旨在协助诊断可疑的子宫病的基于NGS的测试,每一试验开发者应确定用于某一试验的具体标志。
预先界定和记录推动试验发展的具体临床需求。这通常包括具体说明疾病或其他引起兴趣的条件、试验的临床用途以及试验打算用于(即:确定和记录提供测试的临床环境(如果不是一般环境)也可能是信息信息。
此处所考虑的广泛用途说明下常见临床用途的例子包括但不限于协助诊断:有发育迟缓或智力残疾迹象和症状的儿童、未诊断疾病症状患者、接受差别诊断的患者等。
目标人口考虑的例子包括但不限于:预计测试将产生结果的受影响人口比例;或特定疾病或试验所针对的其他疾病的流行情况,如果适用的话。 2. 测试的具体用户需要
通过协商、专业经验、专业准则和其他相关来源,预期确定和记录:需要具备具体的测试特征,以确保开发一种满足用户需要的测试。 具体的用户需求将确定在试验设计期间需要解决的关键因素。确定用户需求的优先次序,以便最关键的需求在设计上得到最大的关注,也许是有益的。试验开发者在设计试验时应考虑到试验使用者的范围。
用户具体需要测试的一个例子是用户需要在有限的周转时间内处理大量样品。这一用户需求将有助于确定哪些NGS平台应作为测试的一部分使用,如何进行多路转换,并有可能:试验的其他方面是如何设计的。 3. 样样类型
具体说明并记录可用于试验的可接受的样本类型。
接受测试的样本类型将会引起设计问题,如所需收集器械的类型、样品的最低数量或数量等。或为了在采集和使用之间保持样本稳定性而必须遵守的任何收集条件。但每种类型都应经过验证,以便用于生产具有适当质量和数量的DNA和用于总体测试性能。 适当的标本类型可能取决于测试的使用。
标本类型的例子包括但不限于:全血、粘结粘结。 4. 被调查的基因组区域
具体说明并记录基因组区域,包括基因和变异,以接受测试的询问。
测试测序和/或报告的基因类型将取决于使用的具体指标,这反过来又会影响测试设计和界定测试性能的各个方面。利用基于证据的评估,提供和证明为某一特定指示应列入的基因。还应具体说明在临床上已知的与试验所检测到的区域以外的某一指示相关的变体。如果关键讯问区域不符合最低性能规格(例如最低覆盖率阈值),试验应加以修改和重新确认,以达到最低适用阈值。
示例:旨在帮助诊断新生儿疑似遗传疾病的一项测试,可能使用WES,而不是一个定义明确的临床意义明确的基因群。 在这种情况下,测试可配置为仅报告可能与疑似疾病或基于病人的苯型的其他状况有关的WES基因子集,以及病人以前的临床诊断结果。例如,测试可能只报告已知与心脏紊乱有关的基因的结果,如果根据临床报告怀疑这种紊乱有病。 5. 性能需求
为表明性能需要,考虑以下各点:
• 界定和记录一套最低限度的衡量标准(如准确性、准确性、探测限值(LOD)),应加以评价,以进行经过充分分析验证的测试。 · 根据测试的用途说明和预先界定的用户需要,界定和记录这些衡量标准的适当性能阈值。 · 界定和记录在测试中可以包括不符合测试质量衡量标准的审讯区域的程度(例如,覆盖范围的深度;见第六.C节)。 • 确定和记录使用二级程序(例如家庭测试、对结果的正对确认)的情况,因为这些程序的使用可能影响性能需要。 • 记录测试性能可能受到的限制。
实例:如果样本数量有限(例如,样本量小,或无法从病人那里收集更多的样本),或如果结果无法通过正对法证实,在将报告结果的区域,测试的最低精确度应更高,未报告区域也应记录在案。如果审讯的基因组区域的一部分难以测序,无法达到性能阈值,则应作为测试限制加以报告,并可能告知在试验设计期间采用正对角法确认,或可能需要在该区域扩大范围。 6. 试验要素和方法
a. 试验元素规格
具体说明并记录所有试验要素(例如仪器、软件、消耗品、试剂),包括程序要素(例如:用于文库制备的材料)和用于试验的一般实验室器械(例如自动液体处理器)。根据所确定的用户需求、使用说明、使用说明,为测试要素设定技术规格(如测序平台的吞吐量),并预先界定性能规格(例如精确阈值),记录每个测试要素对关键因素(例如覆盖面、多路转换)的局限性。
应根据以NGS为基础的测试的每个要素确定和记录规格。 这些规格通常取决于用户的需要、使用说明和预先确定的性能阈值。在某些情况下,测试设计问题可能会反馈到使用说明或预先确定的性能阈值中。例如,可能需要修改使用说明,以适应所采用的具体排序平台的限制。
以下是关于基于NGS测试的选定要素或步骤的建议: 平阶平台
指定将使用的排序平台。
特定排序平台应具有符合用户需要的具体性能特点和测试使用说明。
二. 二. 监管和参考材料
具体规定监管和参考材料,以实现对试验的信心。
这些控制应包括,但不限于,每个抽样或每次运行的控制,或必要的其他控制,以便确定性能的质量。还可以包括基因和疾病特定控制,以检测用于诊断明确界定的疾病或其他状况的常见病原体变异,全面致病阳性控制(最常见的致病性变异物)和其他适当的控制和参考材料。
三. 三. 生物信息学
• 描述和记录数据处理和分析数据,包括变异检出、过滤和注解的所有程序。 • 具体说明和记录所有拟使用的软件,包括源(如内部开发的软件、第三方软件)以及任何修改。 · 文件软件版本和可追踪性、参考序列组装以及编制、安装和运行生物信息管道所需的要素。 • 具体说明和记录软件是在当地运行还是远程运行(如云基软件)。 • 说明和记录将使用哪些数据库(包括适用版本)(如果有的话),这些数据库是内部数据库还是第三方数据库。
应根据测序类型和试验将报告的变异类型选择生物信息管道,并审议变异检出和评估中管道的任何限制。在第三方生物信息学工具的测试设计中,应结合基于端至端NGS的测试,通过记录和验证生物信息学软件性能,将生物信息学工具纳入测试设计。
b. 方法
制定和记录测试程序和方法。 详细记录每一步测试的方法(如DNA提取、多路转换)。制定和记录使用仪器、消耗品、试剂和辅助方法的程序。查明和记录每一步骤的任何限制,包括对其他步骤的潜在影响。 酌情确定和记录将使用的排序类型(例如单端/端-端-端/端-的排序)。
应以NGS为基础的测试所需的每种方法的规格应予确定和记录。这些规格一般由用户和性能规格界定。
以下是关于基于NGS测试选定要素的建议清单:
一. 一. 样本准备和投入
• 酌情制定和记录标本处理、保存、处理、储存和拒绝标准的具体方法。 • 确定和记录用于确定DNA数量和质量的方法。确定和记录DNA的最低数量、数量和质量,以达到预定的测试性能规格。 • 确定和记录在从外部来源提取DNA时是否可进行测试,并确立和记录此类外部样品的接受标准和其他要求。
二. 二. 多重驱动
• 具体说明和记录在单一测试中可采用多路制的样品数量,但不会对报告区域的质量分数或覆盖范围产生不利影响。 • 具体和记录分子条形码的组成及其使用程序,包括避免条形码碰撞的任何必要程序,误认或误分类。 • 确定和记录将每个输入样本纳入多重文库的正常化方法并编制文件
三. 三. 文库制备和靶向富集
• 酌情建立和记录文库制备和靶向富集的具体方法(例如,基于全基因组的、基于捕捉的方法)。 · 具体说明和记录性能计量(如目标顺序、统一、文库复杂度)和接受该方法将使用的门槛值。
四、 测序程序
• 界定和记录测试运行失败时使用的程序(例如,由于未能达到测试运行质量的一项或多项标准)。 • 此类程序可包括重新运行、填补未能达到适当质量指标的某些区域,或确认测试结果等。 请注意,上述清单并不全面,测试的所有步骤都应记录在案,包括说明规格的理由。
B. 测试性性能特征
分析测试验证工作涉及衡量测试对一套预先界定的衡量标准的分析性能,以表明测试性能是否足以表明其用途并符合预先界定的性能规格。这通常涉及评估测试是否成功地查明或衡量在界定的统计范围内,是否存在可提供患者疾病或其他状况信息的变体。
一旦最后确定和记录所有方法,并验证测试的端至端性能,以验证测试使用迹象,在临床使用期间,应不断监测试验性能,这通常很重要,作为试验设计和开发的一部分,优化以NGS为基础的测试的个别步骤,并核实测试要素是否按预期运作,并达到适用于测试使用指标的预定性能阈值。完整的基于NGS的测试应全部经过分析验证(即:应当从样本处理开始,最后进行变式呼叫,进行验证试验。在临床使用试验之前,包括证明性能达到预定阈值的文件。本节建议采用一套性能计量,在分析验证用于协助诊断可疑的细菌病的基于NGS的测试时,应评估这些性能计量。
- 准确性
通过衡量正百分比协议(PPA)、负百分比协议(NPA)和技术积极预测值(TPPV)为PPA、NPA、PPPA、PPA、PPA、PA、PPPA、P以及TPPV, 以确保测试符合其预先规定的性能规格。 根据不同的假设情况或采用的方法,可制定更多的准确性评价指标。
准确性涉及确定测量值与测算值的真实值之间的近似性。 9 对于基于NGS的测试,准确度是指测试结果的顺序与FDA酌情确定的有效参照方法确定的相同顺序之间的一致(或协议)程度,或参考样本在以NGS为基础的测试中运行,与参考的高度置信序列之间运行。
9 改编自JCGM 200:2012(计量指南联合委员会)。 工作组:在临床实验室实践中确保下一代测序的质量。 2012年(11):1033-6。 《行动计划》、《国家行动计划》和《行动计划》的最低可接受总限值和目标阈值TPPV点估计值和基于NGS的测试95%置信度间隔的下限应预先界定并报告(见21 CFR Part 801和21 CFR 809.10的适用部分)。这些阈值将取决于使用试验的标志,以及变量,例如所检测到的变异类型,以及是否使用正对角分析确认变异。使用客观证据和有效统计技术证明门槛值是合理的,也应报告。
a. 积极百分比协定
计算并记录PPA,作为试验所检测到的已知变异(真正的“阳性”(TP))数量除以试验的已知变异(TP加上假负数)。计算每种变异类型并记录 PPA 。
PPA是测试能够正确识别样本中存在的变异物的能力。PPA反映FN的频率。当试验结果返回一个变量时,试验结果为“正值”,该变量在参考序列(例如,人类基因组的当前构造)的同一位置上的顺序不同。
b. 负百分比协定
计算并记录NPA,作为真实的“负”(TN)结果数除以所检测的每种变种(TN加FP)的野型(wt)结果数。
NPA一般被定义为没有分析器11 的正确调用比例(在本案中,缺乏遗传变体),并反映了生殖器的频率。 更具体地说,对于基因测试,NPA是能够正确识别湿底(即:当没有序列变化时,该分析不会探测到这种变化的概率)。
c. 技术积极预测价值
计算和记录TPPV, 将TP与试验的数量除以试验取得的积极结果总数(TP加FP)。
TPPV涉及变式电话是真实正数的可能性,并反映每次测试的假正数。如果变式确认不进行,这一数字尤其重要。
(a) 酸分析; d. 计算精确度
应计算每种变异类型、测试能够检测到这些变式的背景以及临床相关变式的准确性。对于变异类型而言,使用使用有明确特征的参考材料或以高置信度要求商定的样本进行的研究结果可能是有益的。对于与临床有关的变体,精确度计算应使用与试验迹象有关的临床样品进行的研究结果。关于性能评价的一般性建议 进一步研究,了解评价基于NGS测试精确度的进一步细节。 )
准确性可以通过构建以下表格类型来计算:
总正负数
测试阳性 A B A+B 负 C D C+D 无呼叫或无效呼叫 E F E+F
A+C+E B+D+F N共计
N是精确度研究(N=A+B+C+D+E+F)中的样本总数。没有电话或无效电话描述没有打基电话的结果,这可能是若干因素造成的,例如,但不限于,基准水平性能没有达到预先确定的质量门槛,造成数据不足,无法拨打变体电话。有些测试还报告结果含糊不清,这些结果并非遗漏,从质量控制角度看是有效的,但既不是积极的,也不是消极的;也就是说,结果不能提供关于突变是否存在的确定二元信息。 请注意,无呼叫或无效结果与含糊不清的呼叫不同。
准确性研究中未拨打电话或打错电话的百分比应估计为(E+F)/N,同时有95%的双向信任间隔。参照标准方法不要求或要求获得积极结果的呼声百分比应估计为E/(A+C+E),而参照标准方法F/(B+D+F)的负面结果应估计为F/(B+D+F)。
在计算PPA、NPA或TPPV时,不应使用任何电话和无效电话,而应作为准确性研究结果的一部分单独记录。无通话或无效通话次数的最低可接受值将取决于使用和测试设计。 例如,如果测试结果应在较短的周转时间内产生,则可能要求不得打电话或打错电话的比例最低。
如下表所示,不取消任何电话或无效电话的准确性研究数据,只包括有效的测试结果:
12 为计算95%的置信间隔,遵循CLSI EP12-A2《评价定性测试性能用户议定书》;核准的准则-第二版。 A B+B C D C+D 阳性AB+B负CD
A+C B+D A+B+C+D共计
• PPA的计算方法是除以A(A+C),即试验所检测到的已知变异(真正的正试验结果)的数目(A+C),测试的已知变异数(正数和假负数测试结果)。这些计算不应包括任何电话或无效电话,这些电话应单独列出。 人民币兑换率是假负(FN=1-PPA)率。计算每种变异类型以及适用的临床相关变式的变式和标本水平的PPA。
• 国家行动纲领可以将D、实际负结果数除以(D+B)、测试的变异结果(实际负数加上假正数试验结果)的 wt结果数。 NPA反映了假阳性(FP)的频率(FP=1-NPA ) 。 计算样本水平的NPA。理想的情况是,应当根据每种变异类型以及酌情根据临床相关变式计算《国家行动计划》。更一般的计算方法可以是正确确定为 wt 或以预设间隔内假变异数表示的 wt 基数。
• TPPV是用A(A+B)除以真实正数试验结果数A(A+B)计算得出的;测试发现的所有正结果数(正数和假正数测试结果)。 计算受讯问地区TPPV(变数)和标本水平。TPPV应该酌情根据每种变异类型以及临床相关变式计算。
详情见第十节:附录A。 2. 精确度(可复制性和可重复性)
评价变式和 wt调用电话的准确性(可复制性和可重复性),每个条件,即讯问区,分别报告每条指标。和变体类型。 进行测试,其中考虑到可能导致测试变异的主要因素,包括但不限于测试多个样本、运行、试剂批次、天数、以及操作员。 进行测试,酌情说明其他可变性来源,包括但不限于测试多种仪器、多个测试场、车道复制机,和车道。
以NGS为基础的测试的可复制性涉及在各种特定条件下测量测试变异性(例如,使用不同的操作员,使用同一样本(包括试验截断周围的样本)的不同作业条件、不同的测量日、不同的仪器等,并计入试验中变化的主要源。 如果使用同样的操作员、相同的测量系统、相同的操作条件和相同的地点,则重复性涉及测量测试结果的变异性,这些研究不需要黄金标准序列结果; 这些研究并不需要黄金标准序列结果; 这些研究不需要在短时期内对同一物体或类似物体进行模拟和复制测量。相反,测试开发者应该计算复制的百分比,每个样本的结果相同。还应报告不打电话或复制无效电话的百分比。
应预先界定并报告每个测试条件和基因组环境下基于NGS测试的重复性和重现性阈值,每个变异类型分别列出。 这些阈值将取决于若干变数,包括使用指标和将检测到的变数类型。使用客观证据和有效的统计技术,应证明门槛值是合理的。 3. 检测限制(LOD)
确定和记录DNA的最低和最高数量(例如,使测试能够在95%的测试运行中提供预期结果,且有可接受的无效调用或无调用结果(即:确定和记录试验指示使用中每一变种类型的较低 LoD 。 如果测试的标本内容混合(例如,马赛克标本),建立并记录测试检测能力,以检测不同异位比例,并根据稀释分析确定低位位值变量,通过混合两个纯临床样品或从代表不同百分比的细胞线中产生混合。
基于NGS的测试的实验室水平应在不同的常规临床实验室条件下,按确定的样本类型进行评估。LoD计算为分析器最低浓度,在为该浓度测试的复制品中,至少95%的正数和可接受的无效调用或未获得可接受水平的无效调用。当不同的变异类型可能有不同的 LoD 时,在不同的顺序背景下,为每种变型计算 LoD。同样,应建立上层LoD并记录在案。 4. 分析特性
使用下列指标确定和记录分析特性。确定并记录使用拟议方法的潜在干扰和交叉反应物质或交叉污染是否影响测试性能。
分析特性涉及测试是否有能力仅衡量预期分析。 内生或外生物质的测量干扰,根据使用和试验设计的指示,交叉反应(例如,来自同族区域,伪基因和其他类型的交叉反应序列)可能导致错误检测出不正确的分析结果,产生虚假的正结果。病人标本交叉污染在测试中引入了不正确的序列,可能导致假正反结果。
a. 干扰识别和记录任何可能降低扩大或排序能力的干扰物质(包括矩阵效应)。与试样或样本类型以及试验指示使用中所包含的DNA提取方法有关的干预实验的特定物质。
b. 交互活动
评估并记录已知的交叉反应异象和同系区域(如伪基因)的交叉反应潜力,根据试验将审问的目标。
c. 交叉污染
制定、验证和记录方法,以检测病人样品或样品之间的结转或交叉污染。
请注意,在WES等试验中,许多查询区域在任何两个样本中将完全相同,交叉污染评价可能需要评估样品之间已知的差异。
C. 测试质量运行量
制定和记录与具体设计和测试过程(例如:DNA输入质量、文库复杂度、测序仪表、生物信息管道相关指标)。设定抽样和可变质量控制水平接受标准(例如,所绘制的读数、覆盖范围、受困程度)。
测试运行质量指标用来确定是否应当接受单次测试运行、样本或变异检出,或者在适用的情况下,是否应当使用补充程序来进一步询问一个变式电话。应对基因组中临床相关部分(即:有充分证据表明病原体变异体和疾病之间有因果关系的基因和地区)。
可使用与整个试验或基于NGS的试验的具体步骤有关的若干测试运行质量指标,除其他因素外,还将:取决于所使用的技术。 下文对这些衡量标准作了说明。
不符合质量阈值的测试区域不应报告变式。 因未达到质量门槛而未被询问的区域应作为报告单位提出。另见第六.G节和第六.H节的标签建议。
- 覆盖面(阅读深度和完整性) 确定、说明和记录平均和最低覆盖率、统一覆盖率的最低绩效阈值,和试验最低深度以上目标区域基地的百分比。 13
确定并记录索赔区域中涵盖的百分比/完整性(即充分覆盖超过最低限值的测试百分比)。
应预先确定和报告平均和最低覆盖率阈值深度,依据使用测试的标志,并使用客观证据和有效统计技术说明理由,一般来说,平均覆盖率的降低会提高测试的百分比,而最低覆盖率则不够。如果关键审讯区域没有达到最低覆盖率阈值,则修改测试要求,限制所报告的结果类型。
补充程序(见下文第六.E节)可能必须纳入测试计划,以解决被讯问区域未达到预先确定的覆盖范围阈值的情况。
阈值的选择应表明使用说明和预先界定的用户需求对使用说明和预先界定用户需求的测试性能。根据试验使用、设计(例如仪器)、程序(例如:测试家庭三重体对仅对病人进行检测)、性能(例如,基准呼叫误差率、独立读数),以及其他有关信息。
测试应符合所报告异兹古斯和同质苯古斯细菌元素的预期异变的预定阈值。如果试验报告异频异位数超出预期的异位体和同系体子系范围(例如,子系马赛克),测试开发者应确保达到检测这些变异所有频率所需的最低覆盖率。可能需要采取补充程序,充分调查这些变式。 2. 计量和性能阈值
FDA建议,为所有以本国一般事务为基础的关键测试步骤制定测试运行量和性能阈值。这些阈值将取决于若干变数,并应以客观证据和有效统计技术作为理由。如果审定结果表明这些衡量标准不适合测试,或无法达到性能阈值,试验设计应加以修改和重新验证。
13 Jennings等人(2017年)将覆盖面深度定义为“..经调整的读数含有特定核糖核酸位置..”。2012年(2012年)将平均覆盖面深度定义为“..平均重叠数读出总序列区域内”,和统一覆盖范围,作为“在将使用变式的具体目标区域内的覆盖面分布”。 以下是确定测试运行指标和测试要素性能阈值的因素清单:
a. 样品质量
• 制定和记录接受或拒绝样本的标准。
b. DNA质量和处理
• 确定、记录并证明基因组DNA浓度、数量和质量的阈值。 • 酌情确定和记录评价DNA数量和浓度的方法(例如含氟测量方法)。 • 酌情确定和记录在剪切后可接受的DNA尺寸范围和/或范围模式,确定和记录文库产量的性能阈值,并确立和记录目标浓缩方法。
这些方法和阈值将影响适当的DNA提取方法的选择。
c. 序列生成/基准呼吁
• 确定、记录和说明排序基准质量评分(例如Q评分)的门槛值。 · 按周期和超过预定质量门槛值的基数百分比确定和记录基准质量中位数的阈值。 • 如果适用,确定和记录减缩基数百分比的门槛值。
如果不使用基本质量评分,则记录所采用的适用方法,并说明为什么采用这种方法是适当的。
可酌情使用其他序列生成的计量标准,例如:
• 集束密度和集束通过过滤率。
• 读段(reads);唯一读段的百分比(在去除重复序列之前);重复读段的百分比(反映从同一位置开始的读段,是表明文库复杂度的指标)。
如果使用其他这类指标,则应当为每一指标确定、记录和说明阈值。
• 制定和记录适当的指标及其相关的绘图质量阈值。
可能的衡量标准实例包括:
• 参照基因组图中读数的百分比。
• 绘制到目标区域的读数百分比。
• 绘制质量得分和读数百分比正确绘制。
• 覆盖目标的百分比、按照目标/诱变序列绘制的读数的百分比、未按照任何人类序列绘制的读数的百分比。
• 覆盖范围深度(见上文第六.C.1节)。
· 由于大因德尔、由于序列同质而非因地图,没有具体地图,例如误差或剪切读,并使用泛族裔参考序列评估绘图错误。
如果经测试验证后,关键基准/位置不符合绘图质量阈值,应评价测试设计和/或指标和阈值是否适合使用指示,包括用户的需要。替代品,例如以针对此类区域的第二种方法补充基于NGS的测试,或具体说明未报告的区域(并相应修改试验的用途说明和限制),如果已知少数基地/阵地地图分布不完善,则可以接受。
e. 备选调用量
• 制定和记录适当的指标及其相关的备选呼喊质量阈值。
要求采用指标的变式包括单一变式指标(变式 -- -- 水平指标)和抽样一级,总变式要求采用简易指标。适当的衡量标准可能取决于用于调用变体的生物信息学管道,应确定、证明和记录报告门槛。
适当衡量标准的例子包括:
• 备选呼叫质量评分。
• 与所报告的变式读数和百分比。 • 折合读数百分比,包括不同类型(例如异体体突变、因德尔、无谓变体)的百分比;基准替代的比例和比率(过渡/转换(ti/tv))。
• 变式所有频率(例如,预期呼叫频率阈值/变式最低百分比为同质呼声和异质呼声所定义)。
• 新变式的百分比、与参照变式/序列的一致率。
• 偏见。
可能需要考虑系统错误简介和抑制,或将其纳入管道开发。如果情况确实如此,则确定和记录特征分析和制止的方法。
D. 关于性能评价研究的一般性建议
在评价测试性能时,酌情纳入下列特征。 详细说明偏离这些建议的理由。
· 对基因组区域、变异类型和序列背景进行鉴定研究,这些背景代表试验使用的迹象,包括临床相关目标。 确定高度同质、高度多元性或其他困难区域的变异物的测试性能,如果这些区域是试验使用指标的一部分。
• 评估试验限度,例如大于某一尺寸的插入或删除,或重新安排,并查明试验无法按照预定精确度和精确度探测到的序列变化类型。
• 酌情使用反映实际要测试的样本类型(如全血、唾液)的样本,以及测试所指的人群。
· 确定需要多少样本和哪些类型的样本,以证明有关指标和使用指示值的性能阈值已满怀信心地达到。这一数目将取决于试验使用的指标、(如果相关)声称由试验探测和报告的各种变体的数目和类型,以及必须满足的关键性能参数,以支持这一使用。
· 评价不同基因型(即,湿、异体兹古斯、异体兹古斯化合物、同质古斯)的测试性能,与测试使用迹象相符。 此外,如果标本或DNA样本具有混杂成分(例如:标记中声称使用试验时使用了这种标志。可以通过混合两个纯临床样品或从涵盖一系列异位数的细胞线中产生混合剂来做到这一点。 • 在评价端对端测试性能时,包括DNA准备、样本和试剂的获取、处理和储存(酌情)等。
• 将最终完成的生物信息管道纳入数据处理和分析,作为全面端对端测试验证的一部分。
• 在适用的情况下,验证采样集合方法,包括最低和最大多路式采样数,以确保保持个别采样身份。如果条码用于多路转换、评价和记录条码对测试性能的影响,并确立和记录一个运行中的病人/条码组合,提供准确和可复制的结果,无论每个样本使用哪种条码,以及最大样品数量为多路数时。
在评价基于NGS的测试精度时:
• 与FDA确定为适当参照标准的方法,如双向排序或其他经过充分验证的方法相比,评价和记录准确性。如有的话,酌情通过比较你的测试产生的序列与一个性质明确的“黄金标准”参考序列或一个商定的、性质明确的样本的协商一致序列,对准确性进行评价。
· 确定试验能够检测的变体类型和试验能够检测这些变体的背景(不论变体是否致病性),使用精准的参考材料或商定的高置信量(基线精确度)样本确定准确性。准确性研究应根据试验的标志,包括有代表性的变式和变异类型。 研究应说明与试验使用迹象相关的具有临床意义的区域,以及不同基因组背景的不同变量,基因组的难以测序或难以测图的区域、马赛克主义和任何其他变种类型、区域或试验使用指示中包括的背景。例如,如果试验的目的是用来探测和报告因子,则包括以适当规模的加量(例如,不超过5对基对)分配变异物,单独列出,以插入和删除。
• 临床样品应包括与试验指标有关的临床相关变体,应用于精确性研究,并选择这些变体,以确保充分体现与临床有关的序列变化和基因组环境,声称试验发现并报告这些变化和情况。使用新鲜临床样品评估试验的准确性,并以符合试验使用说明的方式收集和处理。应尽可能使用含有具体临床相关变异的新鲜临床样品,如果没有新的临床样品,在与临床有关的区域,用含有特定变异的存档临床样品或人体细胞线样品替代或补充研究,也许是可以接受的。在某些有限的情况下,如果FDA认为适当,也可以使用编织或生物合成样品作为可以接受的替代办法。
• 试样的数量和类型将取决于各种具体的试验因素,在进行研究之前应确定和说明其理由。虽然没有要求检验一定数量的属地,或测试来自一定数量不同病人的样本(这还可能取决于特定鉴定样本中不同种类的变体数量),研究中使用的样本数量和类型在统计上应说明理由,说明试验的用意、样品种类的细节和如何进行研究的描述应记录在案和报告。
• 当没有临床样品、细胞系或生物合成材料可用时,可使用计算机模拟(in silico)构建的序列(含各类声称检出的已知序列变异,例如SNV、插入缺失、重复、重复扩增、CNV、结构变异)作为生物标本的补充,以评估生物信息学流程的性能。但这些数据文件应使用与检测相同的分析前和分析方法生成。in silico序列可通过多种方式构建,应清楚描述、论证并记录。关于软件验证的进一步信息,见指南文件《软件验证一般原则》(https://www.fda.gov/medical-devices/device-regulation-and-guidance/guidance-documents/general-principles-software-validation)。 (%%%
• 分别计算声称的每一种变式(如SNVs、因德尔、结构变式)和顺序背景(如高度同质、非同质)的PPA、NPA和TPPV。将采用该测试来评估(或其它困难区域),关于计算精确度的更多信息见第六.B节。
• 如果FDA认为适当,则有可能在同一平台上,利用多种类似的NGS测试,利用某些验证研究结果,例如,同样的分析前步骤、文库编制方法和测序方法。
• 以平均和相关的95%的双向CI为主,提出结果。以表格形式列出现有结果,分别记录每个变式、测试的变异类型和顺序背景。在相关情况下(例如,插入、删除),按大小分布的文件结果。
• 分别提出用于鉴定的每个样本类型的结果,并标明使用的样本类型(如临床样本、细胞线)。
· 对于可复制性研究,每种变式或变异类型的文件结果。说明为每种变体测试的复制件数量和测试的条件(例如,运行次数、天数、仪器、试剂批量、操作员)。
• 在提交可复制性和可重复性研究结果时,说明质量控制率不及格,并列出所有电话或无效电话清单。运行数据不符合覆盖范围深度、覆盖范围统一性和其他技术计量标准,通常被视为质量控制失败。
E. 补充程序
包括任何可适用的补充程序(例如,正对确认、填充、三重测试),其反射用途将在试验设计指示中指示,如果不执行补充程序,则记录试验不报告的结果类型。
补充程序是指那些不属于从输入样本或DNA中产生不同调用的核心程序的程序,补充程序,如填入或正向确认,当基因组的变异体或被审问区域作为使用试验的标志的关键部分无法达到预先确定的测试质量指标或性能阈值时,应实施。在这些情况下,可制定补充程序,以确保测试能够可靠地报告这些区域的变异。对于一些罕见的未诊断疾病,建议进行三重体测序或补充家庭检测,未经适当的父母或家庭检验,测试结果可能无结果。
例如,如果95%的CI的精确度低于预先确定的阈值,可能需要对关键变异类型进行确认性测试。 或者,也可以根据其他手段,为报告这些变式的准确性较低提供充分的理由。
F. 备选案文注解和过滤
选择和证明适合测试使用指示的过滤算法、确定和记录过滤阈值,并文档中如何及何时使用过滤器。文档中记录应用的任何过滤标准,并描述其用途,例如,从考虑中剔除低等频、难测序列区域或难以调用或分析的变异,过滤特定类型的变异,等,在使用数据库帮助说明和过滤时(例如,估计大型控制组群的异距离频率,例如Exome聚合集团(ExAC)发现的那些组群,基因组集合数据库(gnomad)或1000个基因组数据库),核实数据集中是否包括了所显示的试验群,包含一个进程,以识别外部数据源的变化并将其纳入注释和过滤程序。
筛选算法,以确定和优先排序候选因果变异物或从表层或基因组测序产生的基因,可包括根据人口频率选择变异物,根据对基因和基因生产功能和/或胎儿数据的影响确定优先次序,概率方法(当不同情况下的性能得到很好验证并证明能够实现预先界定的性能特征)或共分基因组部分(例如:家庭研究中按血统划分的身份区域,以及同属同属异类和同属同属一种)。
G. 标签中测试表现的演示
试验标签必须符合21 CFR 809.10和21 CFR 第801部分的适用部分。 在提供试验性能信息时,标签中应包括以下内容:
• 提供和提供不受限制的公众访问机会,以查看试验的用途说明、限制、限制、和通过测试开发者网站的显著超链接提供的性能信息概要。
• 在试验使用说明中包括以下说明:
o 序列变化的类型(例如,单核酸变异物、多个核酸变异物、插入、删除、重复、试验发现并报告。 o 试验的任何限制(例如,被审问的目标,如基因、序列变异类型、Allele频率,或基因组环境,试验无法通过有效性能检测到,无法检测到某些大于一定尺寸的重新排列、插入和删除,或与试验指示使用有关的具体基因)。 o 如果可能,试验可能针对的受影响人口部分,例如:如果试验只检测到某一疾病或状况的所有变异的子集。
• 确定基因组区域,其中符合事先具体规定的性能规格的序列可通过基于NGS的测试产生。
• 使用广泛接受的术语的报告变式。 • 对于目标的NGS专门小组,使用广泛接受的术语列出小组中包括的基因。
• 对于以饮水和环境卫生为基础的测试,说明如何界定已知的、与临床有关的远方区域,并说明这些区域的相关计量标准(例如覆盖范围)。
• 执行情况汇总表资料包括:
o 按变异类型和大小(例如:包括结果按大小分布、分别用于删除和插入、按多色和非多色区域分布的大小),以平均百分比协议和对参考序列和95%的CI的异议分别概括,分别列出正反结果,并按临床样品、精心设计的样品、细胞线或参考样品组是否产生结果加以细分。
o 关于再生研究结果,列出每种变式/变异类型的复制件数量和测试的条件(如运行次数、天数、仪器、试剂批量、(网址、操作员、标本/类型等)。
o 表示覆盖面的平均深度和在覆盖率最低深度覆盖的目标区域的百分比。
• 根据性能数据(例如质量控制失灵)提供关于测试失败概率的资料。低样本量、低DNA浓度)、试验中包含或建议的任何控制材料,以及在试验失败时应采取的后续行动。
• 说明列入使用指示的任何补充程序、方法和做法,包括应进行的确认性测试。说明父母或家庭检查是测试的必要部分。
应提供下列试验设计资料:
• 具体说明试验的要素,包括测序平台和相关技术(如长线)以及辅助试剂、仪器和器械。
• 描述试验设计、开发和鉴定的所有步骤(例如DNA提取、文库准备工作、文库准备工作、文库设计、开发和鉴定等);以及每个步骤的相关程序和测试要素。
· 提供关于样本类型(如唾液、全血)、基体(如防腐剂、抗凝胶)以及适合测试的最低和最大体积的细节。酌情具体指明样本收集、预处理(例如核循环提取方法)、储存和任何额外的分析前样本准备步骤。
• 指出适合获得测试准确性的DNA的最低产量和质量。
• 说明处理DNA的排序方法(如放大、捕获),以及评估最后处理材料的产量和质量的方法。
• 如果适用,指出多路转换的水平。
· 具体说明所有软件组件,无论是内部开发的还是从第三方获得的。记录对开放源代码软件的任何修改。 有关软件验证的进一步信息,见题为“软件验证一般原则”的指南文件(_0nts/ucm085281.htm)。
• 指出用于数据分析的数据库和版本,并说明如何将现有数据库或新数据库的新版本纳入测试和验证。 表明序列是否与整个人参照组或目标序列对齐,以及用于校正的完整人类参考组群的文件加入和版本号。
• 说明用于说明和过滤变式的标准。
H. 测试报告
在符合21 CFR 809.10合规标签要求的测试报告中(酌情)列入以下信息:
• 所报告的变体与临床报告(指示和症状)之间的关系,以及信息来源(例如:包括这一信息是否得到FDA确认的人类基因变异数据库的资料的支持14。
· 说明试验发现的基因组和染色体区域,应指明所有目标基因。
第六.D节
• 试验报告第一页的突出位置的病原体或可采取行动的变异物清单。在适用的情况下,所报告的变体可以包括已知或预测的影响(包括致病性、穿透性),有些变体可能具有不确定的意义。如果将报告具有不明意义的变体,将这些变体与试验报告中的病原体或可采取行动的变体明确分开,指出试验报告没有列入哪些种类的变体(如良性变体)。还包括以下信息:
o 使用广泛接受的术语的报告变量。
o 提供临床证据说明,以支持对所报告的变异物进行评价。
o 提供与病人的苯型基因有关的基因摘要,并酌情提供替代评价所依赖的任何数据库。
o 指出是否需要补充信息,例如家庭成员的测试结果,以便确切评估变式。
• 指出测试限制,包括未能按顺序排列的受讯问区域、任何干扰物质以及对变异评估的限制。
• 具体说明减少风险的要素,包括任何其他程序和方法的理由和说明,并纳入使用指南或建议的后续行动,以减少与试验有关的风险。
• 在整个报告中使用易于理解的清楚、一致的语言。 修改
修改基于NGS的测试在类型、范围和影响方面可能有很大差异。它们可能包括新的试剂供应商和软件更新、新平台、化学变化或增加新的测序目标。虽然这些变化需要验证,但需要进行的研究类型将取决于修改的类型和程度。已经获得FDA上市前授权的测试,需经过FDA上市前审查。
如本指南文件第四节所述,目前,一般用途(如协助诊断可疑的细菌线性疾病)的基于NGS的测试,依法自动归入第三类。15 本指南文件第四节进一步说明,FDA认为,有合理的可能性,通过综合采用一般和特别管制措施,可以充分减轻与这种以NGS为基础的试验有关的风险,因此,这种测试可能是新社分类过程的适当候选人。 FDA将批准De Novo提出的进行基于NGS的测试的请求,该测试旨在协助诊断可疑的子宫病,并将这类测试分类为二级,测试将获准进行上市,并可作为今后提交510(k)项其他NGS测试的参照器械,这些测试旨在帮助诊断可疑的子细胞疾病。本节其余部分讨论适用于修改510(k)( " 510(k)器械 " )下的IVD的监管标准。
根据FDA的条例,a 修改后的510(k)器械需要新的510(k),如果修改构成“该器械预定用途的重大改变或修改”,或修改“可能严重影响该器械的安全或有效性”。 16 “可能严重影响该器械的安全或有效性”包括对“该器械的安全或有效性”包括技术在内的对IVD的修改,“决定何时提交修改现有器械的510(k)”指南 (%%% ments/ucm514771.pdf)(510(k)修改指南)在决定是否修改510(k)许可的器械(或一组器械)的过程中,向IVD制造商提供信息,协助其开展工作,或符合510(k)要求的其他器械,如通过De Novo分类程序获得上市许可的器械,需要一个新的510(k)项。
本文的讨论旨在与510(k)项修改指南保持一致并补充该指南,强调该指南第五.D3节和D4节讨论的某些方面,该指南旨在协助诊断可疑的细菌病。如果这些测试被归类为第二类,但需510(k)项,FDA建议,在修改测试之前,测试开发商进行适当的基于风险的评估,以确定修改是否会大大改变其测试的分析或临床性能或安全规格。如果试验开发者的基于风险的评估确定,修改有可能大大改变分析或临床性能或安全规格,更改试验可能严重影响试验的安全或有效性,并可能需要提交新的510(k)项。如果基于风险的评估确定修改不大可能显著改变这些属性,测试开发商应开展适当的分析或临床核查和鉴定活动,更全面地说明修改的范围和影响。核查和审定结果应采用为评价特定器械而确定的标准方法和性能标准(例如:
15 有关何时提交PMA补充材料以更改PMA核准的器械的一般资料,参考了21 CFR 814.39和FDA的指南 " 需事先批准器械的修改 -- -- PMA 补充决策程序 " (\ 9360.pdf)。
在提交最初的510(k)提交时,可以预计会作一些可能严重影响性能或安全规格的测试修改。在实际可行的情况下,测试开发者可在原始提交书中列入适当的预期变更协议,其中应载有具体程序和接受标准。如果FDA批准一项变更协议,其中概述具体类型的预期变更,以及实施变更将遵循的程序,以及作为510(k)部分内容的执行之前将达到的接受标准,根据修改议定书中概述的具体程序和接受标准今后作出的修改一般不需要新的510(k)项。测试开发商将负责在必要时记录修改情况,但无需向FDA提交文件。如果对前510(k)项所批准的变更协议中的程序或接受标准作出修改,可能需要新的上市前提交书。
如果一项修改扩大了使用基于NGS的测试的信号范围,除了帮助诊断患有怀疑的子宫病或其他病症的症状人之外,还帮助诊断症状人,由此产生的试验不属于本指南的范围。
关于审查器械设计和生产变化的建议
无论改变是否需要FDA进行上市前审查,FDA的质量管理体系法规要求成品医疗器械的制造商审查并批准对器械设计和生产作出的改动(21 CFR 820.30和820.70),并记录器械总记录中的改动和批准(21 CFR 820.181)。在对试验进行修改时,应始终对试验性能进行重新评价。
• 记录对试验的所有修改,包括议定书,其中应包括软件更新和对生物信息学管道的其他修改。
• 在预期的测试修改,包括对软件的修改后,为重新验证准备详细的标准操作程序,说明预期的修改和程序。
17 当制造商改变其器械的设计或生产时,他们必须采取某些行动,以符合质量管理体系法规,21 CFR Part 820,第21节,第17节,第除非该器械按照规定不受这些要求的约束。质量控制条例除其他外要求制造商保存记录,这些记录必须提供给FDA检查员(见21 CFR Part 820 section M);《FD&C法》第704(e)节,21 U.S.C.374(e))。 将遵循哪些类型的审定研究,包括将要进行的审定研究,以及必须实现的性能计量和阈值,以引入修改。
• 利用足够数量的精准样品进行重新鉴定,以保证所述测试性能。应记录样本数量和类型,并为样本数量和选定类型提供理由。
· 记录修改后将进行的各类鉴定研究,并记录试验的修改后表现。
• 酌情根据基于风险的评估结果,对测试的端至端进行重新验证,而不仅仅是修改,并记录性能。代表试验所用指示的顺序的现有、有明确特性的数据文档,包含已知变异,当只对生物信息管道进行修改时,即可使用。对输油管的微小修改可以通过将新输油管的结果与现有输油管进行比较来验证。
• 如果经过一段时间对试验作了多次修改,应分别和综合评估每项修改,并记录性能。
• 在现有小组增加新基因时,评价测试性能的端对端和记录性能。如果改变的测试不符合性能要求,可能需要重新设计。视软件是否为了掩盖或暴露基因而作了改动而定,测试性能已经作为最初验证的一部分加以证明,软件的审定状况可能需要重新建立。
• 纳入一个程序,说明内部和外部基因变异数据库的更新情况及其对变异评价的潜在影响。记录任何更新,包括但不限于数据库的名称、位置或新版本。 追加资源
• FDA题为“在医疗器械前期批准和新分类中确定获益-风险时应考虑的因素”的指南文件([参见原文链接]+ccedocuments/ucm517504.pdf)。
• FDA题为“要求就医疗器械提交材料提出反馈意见的指南文件:与美国食品药品监督管理局工作人员举行Pre-Sub方案和会议。” ( + cecepdocuments/ucm311176.pdf)。
• FDA题为“二级器械免于预先通知的程序”的指南文件(NQ0-Q 舞蹈文件/ucm080199.pdf)。
Gargis A.S.等人,“确保临床实验室实践中下一级定级的质量”,Nat Biotechnol. 2012 30(11):1033-6。
• “分子病理学核对清单”,美国病理学家学院(2014年4月21日)。
• Rehm H.L.等人,“ACMG临床实验室下一轮定级标准”,Genet Med. 2013 15(9):733-47。 • Schrijver I.等人,“分子遗传病理学中基于方法的能力测试”,《分子诊断学期刊》(2014年),16(3):283-7。 • 综合基因图谱分析性能规格(M00118,V1)。 (% = 0 = MolDx~ Browse% 20By% 20Topic~ Technology% 20Apper~ 9WHPN3576?open & navmenu=Browse% 5By% 5eTopic) 。
• “CLSI MM09-A2,诊断实验室医学的核酸分离方法;核准的准则-第二版,临床和实验室标准研究所(2014年2月)。 • Aziz N.等人, " 美国病理学家关于下一代测序临床测试实验室标准学院 " ,Arch Pathol实验室医学(2015年),139:481-93。 • “下一代基因变异体探测准则”,纽约州卫生部(2015年3月)。
• “根据纽约州卫生部的遗传测试类别——分子——进行下一代测算的鉴定准则”(2015年7月)。 • Matthijs G.等人, " 诊断性下一轮基因排序准则 " ,《欧洲人类遗传学杂志》(第24期,第2-5页)。 • Jennings、L.J.等人," 分子病理学协会和美国病理学学院共同协商一致建议 " ,《分子诊断学期刊》(2017年),19(3):341-365 附录A
在此,我们仅举一个简单的例子说明问题。如果所用数字和术语没有表明可用于证明试验安全和有效性的实际样品或性能。试验开发者应计算每种变异类型的准确性,在测试能够检测这些变式的背景中,以及临床相关变式的准确性。考虑对6个审讯区域进行一项测试的准确性研究,每个区域有一个单一变量,包括以下7个样本:
• 5个有变异检出电话的样本(根据参照方法)——2个有野生类型(wt)的样本,根据不同感兴趣的位置(根据参照方法)——
下文表A.1对准确性研究结果的描述可列出准确性研究结果,其中单元格的颜色代表真理(深灰色单元格代表根据参照标准方法具有真正利益变异的区域),和根据比较国方法代表真实 wt 区域的浅灰色单元格),而单元格中的措辞代表测试结果。
表A.1 表A.1
区域 1 区域 2 区域 3 区域 4 区域 5 区域 6 样本 1 变式更正 变式 变• 抽样1、2、3和5有2个区域有变式,4个区域有变式;• 抽样6和7没有具有变式的区域,6个具有湿重的区域。
表A.2显示,对所有审讯区域分别进行的每个抽样的PPA、NPA和TPPV的估计精确度计量。还应提供每个抽样的“无呼叫或无效”结果的百分比。
表A.2 表A.2
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
A1 B A1+A2+B A1/(A1+A2+C) D/(B+D) A1/(A1+A2+B)
变式不正确的 A2 wt CD C+D
A1+A2+C B+D A1+A2+B+C+D样本6和7的样本6和7不适用PPA的计算。
表A.3和A.4列出了样本1和2的计算实例:
表A.3 表A.3
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
缩略语 缩略语
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
变式总样本测试变式正确1 50.0%(1/2) 75.0% (3/4) 50.0% (1/2) 0% (0/6) 变式不正确 0 wt 3 总计 4 调查所有7个抽样的PPA和NPA是否相似。
表A.5所列所有样本中每种变异的PPA、NPA和TPPV的准确度估计计量。还应提供“每个变式无呼叫或无效结果”的百分比。
表A.5 表A.5
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
变式全变式总变式测试变式正确无误 A1 B A1+A2+B A1 /(A1+A2+C) D /(B+D) A1 /(A1+A2+B)
变式不正确的 A2 wt CD C+D
A1+A2+C B+D A1+A2+B+C+D
如果根据不正确的变式的试验结果采取的临床行动与根据正确的变式试验结果采取的临床行动相同,此外,还计算PPA = (A1+A2)/(A1+A2+C)和TPPV = (A1+A2)/(A1+A2+B)。
在对6个受讯问区域的准确性研究中,备选案文1、3和5有2个变异样品,5个变异样品;• 变式2、4和6有1个变式样本,6个变式样本。 变式1(区域1)和变式2(区域2)的计算实例见表A.6和A.7:
表A.6 表A.6
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
变式全变式变式全变式变式 变式
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
变式全变式变式测试变式正确0100%(1/1)100%(6/6)100%(6/6)100%(1/1)0%(0/6)变式不正确0wt 0 6共计调查所有7个区域(变式)的PPA和NPA是否相似。
表A.8列出所有变式和样本的PPA、NPA和TPPV组合的准确度估计计量。还应提供在所有变式和所有样本中综合的“无呼叫或无效结果”的百分比。
表A.8列出了计算实例:
表A.8 表A.8
比较方法
PPPPA 派期
NPNPA 国家新人民币(NPA)
TPPV TPPV
% inv. 中文本不适用。
变式全变式测试变式正确377.8%(7/9)90.9%(30/33)63.6%(7/11 0%(0/42)变式不正确30 wt 30) 总计33 PPA=77.8%(7/9),95%CI:(50.4%;92.4%);NPA=90.9%(30/33),95%的CI为(79.3%;96.3%)。
TPPV取决于PPA和NPA, 也取决于准确性研究样本中所有受调查区域中湿区域的百分比(例如,这一比例为78.6%(33/42);因此,对这一指标的解释应考虑到这一点。 注:所有样本和变式数字以及PPA、NPA、NPA、PPP、PP、PPP、PPP、PP、PPPP、PPP、TPPV值是作为基本计算的一个极为简化的示例提供的,不应被视为PPA、NPA和TPPV可接受的水平的例子。如第六.B.1节所述,可接受的数目将主要取决于使用试验的标记及其性能特点。
脚注
[^1]: 根据《FD&C法》第523节,510(k)件某些器械可由FDA认可的第三方审查,第三方可向FDA提出相当实质性等同的建议。标准最终将提供分析有效性的充分保证,以便:只要有足够的临床有效性保证(例如:通过FDA确认的数据库,其中含有充分、经过仔细审查的、经过充分审查的数据库,和适当的标签(见21 CFR Part 801和21 CFR 809.10和21 CFR 809.10的适用部分)
[^6]: 见《FDA法》(21 U.S.C.360c(f)(1)和360e(a)(2))第513(f)(1)和515(a)(2)节。
[^7]: 见《FD&C法》(21 U.S.C.360c(f)(2))第513(f)(2)节。有关De Novo过程的更多信息,请访问FDA网站(NED/ucm232269.htm)。FDA题为 " 关于医疗器械的反馈要求 " 的指南中载有关于FDA前Pre-Sub预提交进程的资料。
[^10]: Gargis AS等人,《下一代顺序:临床检测标准化》(Nex-STCT)
[^11]: 见CLSI 统一术语数据库,第%0-- " 负百分比协议(NPA) -- -- 同意测试方法取得负结果的能力与比较方法取得负结果的能力的百分比 " (CLSI MM17-A,第1段)。核查和验证多氧化核
[^14]: 见FDA指南,利用公共人类遗传变异数据库支持基于遗传学和基因组的活性诊断临床有效性(ZQ0 9837.pdf)。• 一份根据性能调查结果摘要
[^16]: 见21 CFR 807.81(a)(3)。 用于支持原第510(k)项的议定书和标准,原第510(k)节规定的议定书和标准,其中说明如何评价预期的变化)表明(a) 修改后的测试系统的性能符合标准,(b) 与以前已结清的索偿要求相比,经修改的测试系统的性能没有重大变化,(c) 现有风险没有其他新的风险或重大变化,因此这种变化可能不会对安全或有效性产生重大影响,a 510(k) 很可能不需要。